MPI

Для запуска программы на кластере, необходимо написать скрипт. Покажем это на примере программы, использующей MPI.

cp -irv /box/examples/mpi-hello-world ~/ # Копируем программу в домашнюю директорию.
module load openmpi                      # Подключаем модуль с компилятором MPI.
module load gcc/9                        # модуль с компилятором GCC
module load make                         # модуль с командой make
cd ~/mpi-hello-world                     # Собираем программу.
make

Для написания скрипта используем любой редактор, например, nano. Для создания файла job.sh набираем в консоли nano job.sh. В файле пишем команды для запуска нашей программы.

#!/bin/sh
module load openmpi
mpirun ~/mpi-hello-world/hello

Делаем скрипт исполняемым и отправляем в очередь на исполнение. Название раздела (опция -p) указывать необязательно, если вы используете раздел по умолчанию.

$ chmod +x job.sh
$ sbatch -p gnu job.sh
Submitted batch job 27591

После завершения задачи в текущей директории появится файл со стандартным выводом и потоком ошибок. Проверяем содержимое файла командой cat.

$ cat slurm-27591.out
Hello world from node m1, rank [0/8]
Hello world from node m1, rank [1/8]
Hello world from node m1, rank [2/8]
Hello world from node m1, rank [3/8]
Hello world from node m1, rank [4/8]
Hello world from node m1, rank [6/8]
Hello world from node m1, rank [5/8]
Hello world from node m1, rank [7/8]